Obrona przed atakami typu credential stuffing wymaga wielowarstwowego podejścia i stosowania zarówno technicznych środków bezpieczeństwa, jak i odpowiednich praktyk użytkowników. Najważniejsze metody ochrony to stosowanie unikalnych i silnych haseł, wdrożenie uwierzytelniania wieloskładnikowego (MFA) oraz monitorowanie nietypowych wzorców logowań.
Indywidualni użytkownicy powinni dbać o to, by każde konto miało inne, silne hasło, składające się z co najmniej kilkunastu znaków, zawierające litery (małe i wielkie), cyfry oraz symbole. Użycie menedżerów haseł ułatwia zarządzanie wieloma unikalnymi hasłami. MFA znacząco podnosi poziom zabezpieczeń, ponieważ nawet jeśli hasło zostanie przejęte, to do uzyskania dostępu konieczne jest podanie drugiego składnika uwierzytelnienia, np. kodu SMS lub odcisku palca.
Na poziomie organizacji i aplikacji stosuje się techniczne zabezpieczenia, takie jak systemy wykrywania i blokowania botów, które identyfikują masowe, zautomatyzowane próby logowania. Wykorzystuje się m.in. ograniczanie prędkości połączeń (rate limiting), które zapobiega zbyt wielu próbom logowania z jednego adresu IP w krótkim czasie, oraz wyzwania CAPTCHA, które skutecznie odróżniają ludzi od maszyn. Firmy powinny także wdrażać zapory aplikacji internetowych (WAF), które filtrują złośliwy ruch i mają możliwość blokowania podejrzanych zachowań.

Monitorowanie anomalii, czyli analizowanie wzorców logowania (takich jak szybkie, masowe nieudane próby lub logowania z nietypowych lokalizacji), pozwala szybko reagować na incydenty oraz wykrywać ataki w początkowej fazie. Edukacja użytkowników na temat konieczności stosowania unikalnych haseł, nieklikania w podejrzane linki i korzystania z zabezpieczeń MFA jest kluczowa w zapobieganiu skutkom credential stuffing.
